1、三方协议实时扣税
税务部门依据协议要求，实时或定时批量的从纳税人在银行的账户中扣缴税款的方式。办理方法如下：
1）纳税人与开户行、税务部门签订三方协议。
2）纳税人在税务部门申报纳税。
3）税务部门向银行转发纳税人的划款指令，划款成功后，税务部门将自动保存纳税人申报的电子原件。
4）银行划款成功后，打印《电子缴税付款凭证》：第一联作银行记账凭证，第二联交纳税人作付款回单。
注：三方协议是指纳税人、征收机关和开户银行签订的旨在确定纳税登记号与缴款账号对应关系的委托缴款协议。
2、银行端申报查询缴款
纳税人已在税务部门申报纳税，在税务部门生成纳税信息后到银行根据查询结果解缴税款的方式。
在本方式中，又包括两种缴款方法：
1）网上申报，银行端查询缴款
（1）纳税人在税务部门的网站上申报纳税。
（2）打印或手工抄写《电子缴库专用缴款书》。
（3）纳税人持加盖银行预留印鉴的《电子缴库专用缴款书》到银行缴税。
（4）银行根据《电子缴库专用缴款书》中的账户信息、计算机代码、申报序号查询已经申报的缴税信息。
（5）纳税人确认缴款，银行执行划款成功后，打印《电子缴税付款凭证》。
2）上门申报，银行端查询缴款
（1）纳税人到税务部门申报纳税。
（2）税务部门录入申报数据，为纳税人打印《电子缴库专用缴款书》。
（3）纳税人持加盖银行预留印鉴的《电子缴库专用缴款书》到银行缴纳税款。
（4）银行根据《电子缴库专用缴款书》中的申报序号查询已申报的缴款信息。
（5）纳税人确认缴款，银行划款成功后打印《电子缴税付款凭证》。
在上述两种缴税方式中，若纳税人选择1），则需要在指定的扣税账户中有足额的资金；若纳税人选择2），则既可以从账户中调用资金，也可以使用现金。